683년(신문왕 3년) 원효가 이곳에 초당을 짓고 수도하면서 관세음보살을 친견한 뒤, 산 이름을 보광산, 초암의 이름을 보광사라 지었다고 한다.
조선시대에는 이성계가 이곳에서 백일기도를 하고, 조선왕조를 연 것에 감사하는 뜻에서, 1660년(현종 1년) 왕이 이 절을 왕실의 원당으로 삼고, 산 이름을 금산, 절 이름을 보리암이라고 바꾸었다.
전국의 3대 기도처 중 하나이며, 양양 낙산사 홍련암(강원문화재자료 36), 강화군 보문사와 함께 한국 3대 관세음보살 성지로 꼽힌다.